محمدرضا فرزند شیخ ابوالقاسم در سال ۱۲۳۴ ه. ق. درقمشه اصفهان متولد شد. پدرش از فضلاء و علماء در قمشه بود. عارف حکیم الهی آقا محمدرضا قمشه ای از حکمای اربعه تهران است که مدرس عرفانی و حکمی خاص خود را بر مبنای آثار محی الدین عربی و شارحانش و مشرب صدرایی تشکیل داده است. وی انتقال دهنده مکتب عرفانی اصفهان به حوزه تهران بوده، و فتح باب عرفانیات در تهران از وی آغاز شده است. می گویند سلسله اساتیدش به ملا علی نوری و آقا محمد بید آبادی و سپس تا ملاصدرا و از وشیخ الرییس ابوعلی سینا می رسد.
او پس از تحصیل حکمت نزدآقا میرزا حسن نوری و حاج محمدجعفر لاهیجی، شروع به تحصیل در عرفان نظری و آثار محی الدین و صدرالدین قونوی نزد آقا سیدرضی لاریجانی می کند و پس از استاد بر کرسی تدریس عرفان و آثار محی الدین عربی می نشیند. پس از هجرت آقا محمدرضا از اصفهان به تهران، در واقع می توان گفت که مکتب عرفانی اصفهان از دو طریق به حوزه ی تهران منتقل می شود، یکی از طریق آقا سیدرضی که فضل تقدم و استادی بر شاگرد دارد و دیگری عارف حکیم آقای محمدرضا قمشه ای است. آقای محمدرضا قمشه ای تا سن شصت و دو سالگی در اصفهان مشغول تدریس حکمت متعالیه و عرفان بود و از آخرین بازماندگان سلسله اساتید حکمت و عرفان در مکتب اصفهان شمرده می شود.
از جمله خصوصیات رفتاری وی این بود که حکیم آقا محمدرضا قمشه‌ای مردی به تمام معنی وارسته و عارف مشرب بود، با خلوت و تنهائی مأنوس بود و از جمع تا حدودی گریزان.
او در تدریس شرح فصوصِ الحکَم، شرح اشارات و اسفار ملاصدرا، یگانه روزگار بود و شاگردان فاضلی در محضرش پرورش یافتند که حکمایی همچون میرزا ابوالفضل کلانتری، میرزاجهانگیز خان قشقایی، میرزا عبدالله ریاضی، میرزا هاشم اشکوری، شیخ علی نوری، شیخ محمد بروجردی، میرشهاب الدین تبریزی، ملاعلی سمنانی و میرزا علی محمد اصفهانی از زمره آنان‌اند که همگی بر شاگردی این عارف وارسته و حکیم برجسته افتخار می‌کردند. این حکیم بزرگوار که معاصر ملاهادی سبزواری فیلسوف شهیر آن دوران بود، سرانجام در هفدهم مهرماه ۱۲۶۷ شمسی جان به جان آفرین تسلیم کرد.
در تشییع جنازه آقا محمدرضا فقط چند نفر مثل مرحوم میرزا ابوالحسن جلوه حضور داشتند.» مدفن او را صاحب الطرایق در ابن بابویه نزدیک حاج آخوند محلاتی ذکر می کند. ولی مدفن اصلیش را سر قبر آقا (امام جمعه تهران) به ایوان سنگی کوچکی دانند که به علت خیابان کشی در آن محل، استخوانهای آقا محمدرضا را از آنجا به ابن بابویه برده دفن کرده اند.